И теперь нужно было так построить отношения со всеми ними, чтобы возникло доверие к способностям нового командующего и не было неприязни и непонимания. Это была задача не из лёгких, и на первых порах не всё во взаимоотношениях Черняховского с подчинёнными проходило гладко.
Один пример. Во время операции «Багратион» 3-й Белорусский фронт был усилен 5-й танковой армией маршала Ротмистрова, которой директивой Ставки была поставлена задача наступать вдоль Минского шоссе. Противник, понимая важность этого направления, стянул сюда большие силы.
Узнав об этом, Черняховский принимает смелое и рискованное решение: перенаправить танковую армию на другой участок, где её появление будет для немцев неожиданным.
Но тут вдруг возникло непредвиденное препятствие: прославленный танкист, герой Курской битвы маршал Ротмистров наотрез отказался выполнить приказ командующего фронтом. При этом он ссылался на первоначальный приказ, утверждённый Ставкой, и на большой риск перегруппировки армии в другое место: нужно было проделать многокилометровый марш по заболоченной непроезжей местности, где можно было утопить машины и растратить необходимый моторесурс (танковые моторы из-за большой мощности быстро изнашивались, и потому всякое лишнее передвижение грозило преждевременной остановкой танка).
И только деликатная, но непреклонная настойчивость Черняховского, его спокойствие и умение убеждать, а также авторитетная поддержка маршала Василевского, взявшего сторону молодого командующего, помогли замять возникший конфликт и провести эту блестящую операцию, в результате которой была разгромлена стотысячная армия противника.
В ходе Белорусской стратегической операции летом 1944 г. проявил в полной мере свой талант военачальника и свою способность быстро и точно оценивать обстановку, принимать смелые, но взвешенные решения.
Руководимые им войска фронта совместно с 1-м Прибалтийским фронтом разгромили витебскую группировку противника, 26 июня 1944 г. освободили Витебск. Под Минском совместно с 1-м и 2-м Белорусскими фронтами завершили окружение более чем 100-тысячной группировки противника, а 3 июля 1944 г. освободили Минск.
Герой освобождения Беларуси Иван Данилович Черняховский был единственным из высшего советского командования, кто 16 июля 1944 года в Минске принял участие в торжествах по случаю освобождения столицы БССР. В излучине Свислочи на территории бывшего ипподрома в конце улицы Красноармейской тогда состоялся митинг и партизанский парад.
Присутствовало всё белорусское руководство во главе с Пономаренко, торжество транслировалось по радио, снималось на кинопленку, газета «Правда» посвятила этому знаковому событию большой отчет.
Остался в истории факт: Черняховский был в тот день в Минске единственным из высшего советского командования.
В Беларуси это участие Ивана Даниловича помнят.
В июле 1944 г. войска 3-го Белорусского фронта провели Вильнюсскую операцию, в результате которой освободили гг. Вильнюс и Лида, затем форсировали р. Неман.
При штурме Вильнюса приказал не использовать тяжелое вооружение и авиационные налеты, чтобы сберечь город.
28 июня 1944 г. было присвоено звание генерала армии.
29 июля 1944 г. он был удостоен звания Герой Советского Союза. Вторая медаль «Золотая Звезда».
А. М. Василевский вспоминал об этих днях: «Накануне я обратился к Верховному Главнокомандующему по телефону с ходатайством о присвоении за отличную работу на посту комфронта звания генерала армии. Сталин посоветовал направить представление. И вот на второй день решение состоялось, и я с удовольствием приветствовал комфронта в новом звании».
А. М. Василевский высоко оценивал командующего 3-м Белорусским фронтом: «Хорошее знание войск, многообразной и сложной боевой техники, умелое использование опыта других, глубокие теоретические знания позволяли Черняховскому отлично управлять войсками, входившими в состав его фронта, решать сложнейшие задачи, которые ставило перед ним Верховное Главнокомандование.
В бою находился на наиболее ответственных участках, внимательно следя за действиями своих войск и противником. Он чутко прислушивался к мнению подчиненных.
Смело использовал все новое и полезное в обучении войск и организации боя. Солдаты, офицеры и генералы любили своего командующего прежде всего за человечность и заботу о них, за отвагу и бесстрашие, за твердость и настойчивость при проведении в жизнь решений, за прямоту и простоту в обращении, за гуманность и выдержку, за требовательность к себе и к подчиненным.
Да, он был строг и требователен. Но никогда не позволял себе унижать достоинство человека…»
Представитель Ставки ВГК Маршал А. М. Советского Союза Василевский и командующий войсками 3-го Белорусского фронта И. Д. Черняховский допрашивают пленного командира 53-го армейского корпуса генерала пехоты Гольвинцера и командира 206-й пехотной дивизии генерал-лейтенанта Зитгера. Район Витебска, 1944 год.
1 августа 1944 г. силы 3-го Белорусского фронта приняли участие в Каунасской наступательной операции и, освободив г. Каунас, вышли к границам Восточной Пруссии. Затем войска фронта участвовали в Мемельской операции 1-го Прибалтийского фронта, провели Гумбинненскую операцию. В ходе Прибалтийской стратегической наступательной операции была разгромлена 700-тысячная группировка противника в Прибалтике, 33 немецкие дивизии были заблокированы в Курляндии.